Meðal meginatriða nýrrar menntastefnu er aukið svigrúm, sveigjanleiki og samfella á milli skólastiga og innan hvers skólastigs. Helstu markmið samstarfs og tengsla milli skólastiga eru að skapa samfellu í námi nemenda, koma til móts við þarfir þeirra og stuðla að markvissari uppbyggingu námsins.
Skólinn á í góðu samstarfi við Menntaskóla Borgarfjarðar. Í samstarfinu felst m.a. ábyrgð á upplýsingagjöf milli skólanna, til nemenda og foreldra um nám á framhaldsskólastigi og hvernig samstarfinu er háttað. Á grunnskólagöngu sinni fá nemendur upplýsingar um framhaldsskólastigið í heild sinni og námsframboð einstakra skóla, einkum Menntaskóla Borgarfjarðar. Við skólann er starfandi náms- og starfsráðgjafi sem aðstoðar nemendur við að velja nám við hæfi. Sveitarfélög koma á samstarfi grunn- og framhaldsskóla.
Nemendum er heimilt að stunda nám í einstökum námsgreinum á framhaldsskólastigi að loknu grunnskólanámi í viðkomandi námsgreinum. Námið er á ábyrgð grunnskólans og vitnisburður um það því birtur á vitnisburðarblaði nemandans við lok grunnskóla.
Varðandi nemendur sem hafa verið í sérdeild skólans eða notið sérúrræða í grunnskólanum, skulu kennarar og aðrir fagaðilar, ásamt nemanda og foreldrum hans, taka þátt í mótun og gerð tilfærsluáætlunar vegna fyrirhugaðs náms hans í framhaldsskóla og skal miða við að undirbúningur hennar hefjist í 9. bekk.
Áherslur í samstarfinu eru eftirfarandi:
Stjórnendur skólanna funda reglulega með það að markmiði að efla upplýsingastreymi og samstarf á milli skólanna, s.s. með sameiginlegu námskeiðahaldi og fagfundum þvert á skólastigin.
Umsjónarkennarar nemenda í tíunda bekk, í samstarfi við náms- og starfsráðgjafa skólans kynna framhaldsskólastigið í heild sinni og námsframboð einstakra skóla, einkum Menntaskóla Borgarfjarðar.
Stjórnendur MB koma í Grunnskólann að kynna starf MB fyrir nemendum í tíunda (og níunda) bekk og foreldrum þeirra.
Stjórnendur MB koma í Grunnskólann til að kynna starfsemi skólans fyrir starfsfólki Grunnskólans.
Nemendum skólans er boðið að taka þátt í völdum þáttum í félagaslífi Menntaskólans.
Það er styrkur fyrir báða skólana að það er sami námsráðgjafi í skólunum.